(1)醫藥工業凈化車間會經常使用到各種易燃易爆化學危險物品，且本身化學反應也有燃燒爆炸危險，如使用環氧乙烷、酒精、煤氣活性鎳、鈀炭等極易引起燃燒的物品，制劑工藝滅菌工序中的火焰法和環氧乙烷法的火災危險性都較大。
(2)建筑或裝修材料采用易燃材料。由于潔凈廠房需要特殊，加之很多新型復合材料的使用，而建設單位缺乏消防知識，有些選用了有機復合材料，或彩鋼板加泡沫，增加了火災荷載，這些材料燃燒后，又會產生大量的有毒氣體。
(3)醫藥工業凈化車間由于潔凈無菌的工藝要求，密封性好，但易造成發生火災后，有毒高溫煙氣不易及時擴散，甚至會使轟燃提前發生。
(4)人員人口不能滿足疏散的要求。醫藥潔凈廠房必須經過清洗、男(女)更衣、消毒等隔離間方可進入，且由于潔凈無菌的要求，該疏散門不能采用向疏散方向開啟的門，火災時從人口疏散極為復雜和困難。
關于凈化車間的消防安全要求如下：
凈化車間應進行專門設計，其主體建筑應為一、二級耐火等級;吊頂、分隔墻等構配件及保溫、隔熱、裝飾材料，應盡量采用不燃材料或經過防火處理的材料。其他建筑改建為醫藥凈化車間的，也應進行專門設計，并經公安消防部門審核。一般不得破壞原來的防火分隔，新用的保溫、隔熱、分隔等材料及裝飾材料盡量不要采用可燃材料，如要使用的，應經過防火處理。
為防止起火和燃燒，便利疏散與搶救，對防火墻間最大允許占地面積和防火分隔以及疏散路線等，一般應比其他建筑有更高的要求。出入口或拐彎處應有緊急照明燈。使用易燃液體和氣體的電子廠凈化車間，應安裝排風設備，操作臺應有獨立的排風裝置。易燃液體蒸氣和氣體的尾氣管應與排風系統分開。
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