醫院系統的凈化室最先用于手術室，也就是我們現在所說的醫院手術室凈化工程。開始它只是在矯形手術中獲得廣泛應用,因為矯形手術時間較長,易于引起感染。控制水平較理想的是使用手術臺附近的空氣潔凈度達到100級。一般建議使用頂部高效空氣過濾系統,它能覆蓋至少3m×3m的面積,從而將手術臺和人包括在內。
醫療潔凈室獲得應用的其它領域有分娩室、保育室、燒傷室、心臟病人護理單元等。最新進展之一是牙外科手術潔凈室的應用,它降低了在長期手術過程中醫務人員被感染的危險。
潔凈室作為醫院重要的功能分區之一，其工程質量直接影響到醫院的使用和對患者的治療。要提高醫院潔凈室的工程質量，必須從設計、施工和維護三方面同時重視。
醫院應用潔凈環境最廣泛的手術室凈化，是用空氣潔凈技術取代傳統的紫外線等手段對全過程實行污染控制的現代手術室。在潔凈手術室內，患者感染率可降低 10 倍以上，從而可以少用或不用會傷害患者免疫系統的抗生素。既要無塵又要無菌是潔凈手術室的特點。
醫院潔凈室包括手術室、產科、嬰幼兒病房(NICU)、ICU(重癥監護室)、燒傷病房及解剖室、凈化實驗室、人工透析室、標本室等，其工程質量與醫療質量有著直接而重要的關系。
我國《潔凈室施工及驗收規范》(以下簡稱“規范”)強調，新風必須遵循三級過濾的原則。這是因為和空調系統相比，凈化系統新風的塵濃負荷比高達 90% 以上，因此，為了運行質量必須強調新風三級過濾。現在醫院潔凈手術部的標準和規范中都已將此作為規定。另外，回風必須有過濾器，能放中效最好。設計人員只有準確理解了“規范”的要求，才能使潔凈室最大程度地滿足醫院的功能要求。
設計人員要確保潔凈室工程質量，還必須對醫院潔凈室施工現場做認真地調研、考察，否則，設計出來的潔凈室工程質量就會大打折扣。如在對某醫院潔凈室做含塵濃度檢測時，突然發現塵濃普遍急劇上升，超標嚴重。工程人員首先想到的是過濾器風口漏，經檢查，雖然發現確實有漏，但和檢測出的塵濃數量不相當。根據經驗判斷，這是新風口設計不當。
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