醫療潔凈工程的主要目的，是為各類醫療活動提供潔凈環境，進一步提高醫療質量。目前，醫療潔凈水平已成為衡量醫院綜合實力的標準之一。我們平常所說的醫療潔凈主要包含以下幾個方面：
1. 手術室潔凈
手術室潔凈是醫療潔凈的重要不成部分。通過手術室凈化，使得手術室最大限度第保持接近無菌的清潔環境，減少術后感染。通常，一個完整的凈化手術室分為潔凈區、一般潔凈區、非潔凈區三個區域，以凈化空調系統為主，裝飾、電氣系統、給排水系統的配合，達到手術需要的潔凈度。
2. 醫院其他潔凈
以往醫療潔凈主要應用于手術室，現在在其他科室也廣泛應用，主要包括重癥監護室ICU、NICU、PICU，血液層流病房、燒傷病房以及產房。這些凈化大大改善了病人所處的環境，減少了術后感染，促進了病人的康復。
3. 醫院中心供應室潔凈
中心供應室是整個醫院的無菌物品供應中心，主要為手術室提供無菌器械、無菌輔料及為其他科室提供無菌物品，是醫院所有科室中最重要的部分之一，也是醫療潔凈的重點。在醫療潔凈中，一般把中心供應室分為污染回收區、清潔區、無菌區三個部分。
4. 實驗室凈化
在醫院中，有各類的實驗室，包括細胞實驗室、HIV實驗室、免疫實驗室、PCR實驗室、生殖中心實驗室。實驗室一般包括兩種功能：化驗與研究性實驗。在醫療潔凈中，實驗室空氣凈化為實驗設備穩定運行和醫護人員的安全提供了有效的保障。
基本上上述四項內容，便是醫療潔凈的主體內容了。有些凈化公司把建設醫用氣體系統和醫療防護系統也納入了醫療潔凈。還有些情況下，醫療潔凈的涵蓋范圍更為廣泛，包括了醫療設備和藥品生產車間的凈化。
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